MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 3

Total Repeats: 5697

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008014	CTTAT	2	10	25	34	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_008014	AT	3	6	83	88	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008014	TA	4	8	92	99	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008014	ACA	2	6	100	105	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_008014	CCT	2	6	130	135	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_008014	AGG	2	6	168	173	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008014	ATT	2	6	189	194	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008014	T	6	6	229	234	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008014	A	6	6	240	245	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008014	A	6	6	254	259	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008014	T	7	7	273	279	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008014	ATACA	2	10	280	289	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_008014	GAA	2	6	305	310	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008014	A	9	9	309	317	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008014	AT	3	6	402	407	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008014	AT	3	6	422	427	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008014	T	7	7	462	468	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008014	AGTA	2	8	478	485	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008014	ATT	2	6	532	537	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972399
20	NC_008014	TTC	2	6	539	544	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972399
21	NC_008014	TCA	2	6	576	581	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972399
22	NC_008014	AAG	2	6	607	612	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972399
23	NC_008014	AAG	2	6	709	714	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972399
24	NC_008014	TTA	2	6	717	722	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972399
25	NC_008014	TTATT	2	10	736	745	20 %	80 %	0 %	0 %	94972399
26	NC_008014	ATG	2	6	763	768	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972399
27	NC_008014	CTA	2	6	778	783	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972399
28	NC_008014	TCA	2	6	839	844	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972399
29	NC_008014	TAT	2	6	920	925	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972399
30	NC_008014	T	7	7	941	947	0 %	100 %	0 %	0 %	94972399
31	NC_008014	TAG	2	6	955	960	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972399
32	NC_008014	ATCT	2	8	1039	1046	25 %	50 %	0 %	25 %	94972399
33	NC_008014	GAT	2	6	1088	1093	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972399
34	NC_008014	CAT	2	6	1105	1110	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972399
35	NC_008014	GTT	2	6	1136	1141	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972399
36	NC_008014	AGA	2	6	1160	1165	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972399
37	NC_008014	A	7	7	1406	1412	100 %	0 %	0 %	0 %	94972399
38	NC_008014	CTG	2	6	1585	1590	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972399
39	NC_008014	ATA	2	6	1615	1620	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008014	TA	3	6	1619	1624	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008014	AAT	2	6	1648	1653	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008014	T	6	6	1663	1668	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008014	AAT	2	6	1746	1751	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008014	CTT	2	6	1773	1778	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_008014	TGA	2	6	1786	1791	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008014	AAT	2	6	1802	1807	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008014	TCC	2	6	1811	1816	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_008014	TTAA	2	8	1824	1831	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008014	CAG	3	9	1843	1851	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_008014	GTAA	2	8	1956	1963	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008014	AT	3	6	1983	1988	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008014	A	6	6	2032	2037	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008014	AGC	2	6	2057	2062	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_008014	A	6	6	2090	2095	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008014	T	8	8	2120	2127	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008014	AGA	2	6	2189	2194	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008014	A	6	6	2256	2261	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008014	T	6	6	2307	2312	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008014	CTC	2	6	2389	2394	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_008014	CTT	2	6	2397	2402	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_008014	TAT	2	6	2415	2420	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008014	CCAA	2	8	2437	2444	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_008014	TGT	2	6	2509	2514	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008014	TA	8	16	2528	2543	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008014	ATCT	2	8	2564	2571	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_008014	TA	3	6	2611	2616	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008014	TCTT	2	8	2620	2627	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_008014	ATA	2	6	2638	2643	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008014	AGA	2	6	2683	2688	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972400
70	NC_008014	TCT	2	6	2729	2734	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972400
71	NC_008014	CAT	2	6	2735	2740	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972400
72	NC_008014	CA	3	6	2771	2776	50 %	0 %	0 %	50 %	94972400
73	NC_008014	AAG	2	6	2826	2831	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972400
74	NC_008014	A	8	8	2884	2891	100 %	0 %	0 %	0 %	94972400
75	NC_008014	ACA	2	6	2908	2913	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972400
76	NC_008014	AT	3	6	2993	2998	50 %	50 %	0 %	0 %	94972400
77	NC_008014	ACA	3	9	3004	3012	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972400
78	NC_008014	GGA	2	6	3065	3070	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	94972400
79	NC_008014	AT	3	6	3077	3082	50 %	50 %	0 %	0 %	94972400
80	NC_008014	ATT	2	6	3085	3090	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972400
81	NC_008014	CAC	2	6	3120	3125	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972400
82	NC_008014	A	6	6	3161	3166	100 %	0 %	0 %	0 %	94972400
83	NC_008014	TGA	2	6	3193	3198	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972400
84	NC_008014	TA	3	6	3201	3206	50 %	50 %	0 %	0 %	94972400
85	NC_008014	A	6	6	3308	3313	100 %	0 %	0 %	0 %	94972400
86	NC_008014	ACA	2	6	3319	3324	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972400
87	NC_008014	A	7	7	3431	3437	100 %	0 %	0 %	0 %	94972400
88	NC_008014	AGA	2	6	3493	3498	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972400
89	NC_008014	TG	3	6	3533	3538	0 %	50 %	50 %	0 %	94972400
90	NC_008014	TA	3	6	3623	3628	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008014	TAT	2	6	3661	3666	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008014	AATA	2	8	3681	3688	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008014	AT	3	6	3693	3698	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008014	CTG	2	6	3707	3712	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_008014	TAA	2	6	3713	3718	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008014	CTC	2	6	3732	3737	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_008014	GGA	3	9	3739	3747	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008014	TGG	3	9	3804	3812	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94972401
99	NC_008014	TTG	2	6	3866	3871	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972401
100	NC_008014	TAGA	2	8	3881	3888	50 %	25 %	25 %	0 %	94972401
101	NC_008014	TCA	2	6	3989	3994	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972401
102	NC_008014	A	8	8	3994	4001	100 %	0 %	0 %	0 %	94972401
103	NC_008014	ATTC	2	8	4015	4022	25 %	50 %	0 %	25 %	94972401
104	NC_008014	TTA	2	6	4054	4059	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972401
105	NC_008014	TG	3	6	4081	4086	0 %	50 %	50 %	0 %	94972401
106	NC_008014	CAG	2	6	4121	4126	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972401
107	NC_008014	TTG	2	6	4187	4192	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972401
108	NC_008014	AATT	2	8	4229	4236	50 %	50 %	0 %	0 %	94972401
109	NC_008014	CTTA	2	8	4249	4256	25 %	50 %	0 %	25 %	94972401
110	NC_008014	GTT	2	6	4270	4275	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972401
111	NC_008014	A	6	6	4283	4288	100 %	0 %	0 %	0 %	94972401
112	NC_008014	ATT	2	6	4321	4326	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972401
113	NC_008014	AGA	2	6	4392	4397	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972401
114	NC_008014	ACA	2	6	4398	4403	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972401
115	NC_008014	GAA	2	6	4459	4464	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972401
116	NC_008014	CT	3	6	4516	4521	0 %	50 %	0 %	50 %	94972401
117	NC_008014	GT	3	6	4589	4594	0 %	50 %	50 %	0 %	94972401
118	NC_008014	GAA	2	6	4666	4671	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972401
119	NC_008014	AAT	2	6	4693	4698	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972401
120	NC_008014	GCT	2	6	4768	4773	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972401
121	NC_008014	ACA	2	6	4803	4808	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972401
122	NC_008014	CTT	2	6	4828	4833	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972401
123	NC_008014	ATG	2	6	4835	4840	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972401
124	NC_008014	ACA	2	6	4851	4856	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972401
125	NC_008014	TCTT	2	8	4860	4867	0 %	75 %	0 %	25 %	94972401
126	NC_008014	ATT	2	6	4878	4883	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_008014	T	6	6	4893	4898	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008014	TCT	2	6	4917	4922	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_008014	T	6	6	4922	4927	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008014	TAT	2	6	4939	4944	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008014	CCT	2	6	4952	4957	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_008014	T	7	7	5074	5080	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_008014	AAC	2	6	5209	5214	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972402
134	NC_008014	TTC	3	9	5261	5269	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972402
135	NC_008014	CAA	2	6	5301	5306	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972402
136	NC_008014	AGA	2	6	5422	5427	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972402
137	NC_008014	CCA	2	6	5448	5453	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972402
138	NC_008014	TAT	2	6	5520	5525	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972402
139	NC_008014	ATTG	2	8	5571	5578	25 %	50 %	25 %	0 %	94972402
140	NC_008014	CA	3	6	5602	5607	50 %	0 %	0 %	50 %	94972402
141	NC_008014	TCT	2	6	5658	5663	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_008014	GAAT	2	8	5675	5682	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_008014	TAGAA	2	10	5717	5726	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_008014	T	6	6	5773	5778	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_008014	T	6	6	5851	5856	0 %	100 %	0 %	0 %	94972403
146	NC_008014	TCC	2	6	6014	6019	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972403
147	NC_008014	GTG	2	6	6031	6036	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94972403
148	NC_008014	TGT	2	6	6044	6049	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972403
149	NC_008014	TTCC	2	8	6128	6135	0 %	50 %	0 %	50 %	94972403
150	NC_008014	TTC	2	6	6169	6174	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972403
151	NC_008014	TAT	2	6	6176	6181	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972403
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175	NC_008014	ATT	2	6	6809	6814	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_008014	ATT	2	6	6826	6831	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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273	NC_008014	T	6	6	10438	10443	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
274	NC_008014	TATG	2	8	10460	10467	25 %	50 %	25 %	0 %	94972406
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283	NC_008014	A	7	7	11005	11011	100 %	0 %	0 %	0 %	94972406
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